Las fiestas patronales de la ciudad de Ayutuxtepeque son celebradas en el mes de enero en honor a San Sebastián Mártir, del 15 de enero al 20 de enero, las actividades tanto religiosas como de la alcaldía municipal son la principal causa del colorido y tradición del que son partícipes los habitantes y vecinos de la ciudad. Entre las actividades que se llevan a cabo son misa solemne en honor a San Sebastián Mártir, los tradicionales desfiles de correo y de comercio, feria de las ruedas, actividades artísticas culturales y de entretenimiento, la tradicional quema de pólvora y los famosos cusucos pinto, en representación al significado de Ayutuxtepeque (en Náhuatl Cerro de cusucos). Cabe destacar que hay zonas en Ayutuxtepeque que celebran sus propias fiestas patronales, como es el caso de la Colonia Santísima Trinidad.

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